原住民族行政處的成立是臺東縣政府依據地方制度法制定組織自治條例，成為縣政府一級單位，並經臺東縣議會於89年元月04日審議通過，同年元月11日縣政府以（89）府秘字第001435號令頒布，於元月13日正式設置，並於89年03月08日揭牌開始正式運作。
成立之初本處核定編制員額十六人，置局長、專員各一人，局下置輔導行政課、教育文化課、公共工程課、經濟發展課等四課，為強化對原住民之服務，另在府外成立原住民服務中心（目前教育局之位置）。
臺東縣議會當時通過原住民行政局組織編制時，附帶決議於三年內編足員額至二十人，於是于九十年四月臺東縣政府編足原住民行政局之員額至二十人。
本局為配合行政院原住民族委員會各處室之業務對口，本處於九十四年將各課更名為文教行政課、部落產業課、部落建設課、保留地管理課，至一百零一年成立社會福利科共五科。
本縣原住民人口佔全縣人口之三分之一，多年來處理原住民相關業務的單位，卻隸屬縣政府民政局下之課或室，本縣能夠配合政府再造率先成立為府內一級單位，要感謝當時的縣長陳建年，臺東縣議會議長吳俊立，副議長林光雄暨全體議員一致的支持，始能順利成立原住民事務專責單位，推動本縣原住民各項政策之執行及各項權益的維護與保障。